②《课程标准》与现有高校专业和课程管理制度对接存在障碍。由于目前高校的人才培养主管部门是高教司，其牵头成立的各个高校专业的教学指导委员会对高校各专业培养方案都会提出相应要求。1998年专业调整中取消师范与非师范区别，导致各个师范专业如历史（师范）、中文（师范）等都被划归历史、中文专业中，其对师范和非师范的专业要求都是统一的。而与此同时，师范教育司组织专家制订的《教师教育课程标准》又对教师教育课程的内容和学分做了规定，这就与各专业教学指导委员会的要求产生了矛盾。有教师教育院校的教务处长就表示：“教务处最头疼的是，就是培养方案……如果每个教学指导委员会的要求都是100%，我们开出的课就是150%……师范司和高教司还是不同的司局，我们在原来遇到的问题，有些问题问高教司，说这是归师范司管的。去问师范司，师范司说这些问题是在高教司，我们很头疼。这又是个课程标准，课程的所有专业又是高教司管。一个百分之几十，一个百分之几，一个东西被掰成几瓣，最后弄出来就不是百分之百了。”（摘自四川省调研报告）这种矛盾最终导致在《课程标准》出台以后，部分教师教育高校因为担心高教司各专业指导委员会仍然坚持过去的要求而无法开齐相关专业课程，因此只能选择进行一些临时性的调整，而不敢对培养方案进行调整。