专利包括发明、实用新型和外观设计，受国家《专利法》保护的力度大，由于技术特征已获国家认可，因此在被侵权时容易举证，胜诉的成功率很高。但是专利的保护期有限制，最长为20年，一旦超过这个期限，专利人就必须将专利公之于众，这样其他人就可以轻而易举地获得相关信息，而且申请专利需要花费一定的费用，获得专利后还需要缴纳年费。
商业秘密主要靠企业自己采取保密措施保护，一旦被侵权，商业秘密所有人举证的难度较大，但是商业秘密保护没有时间限制，可以无限期进行保护，而且不需要缴纳任何费用（当然自己保护秘密也需要付出一定的经济成本）。
通过上面的比较可以大致看出，对于那些容易被反向工程破解的，采取保密措施仍容易泄漏的，或者科技价值期限短的技术可以考虑采用专利的方法，对于那些不容易被反向破解，而且科技价值期限长的技术则采用商业秘密的方法进行保护，例如可口可乐饮料配方于1886年5月被发明，距今已有一百多年了，一直没有申请专利。但这项配方发明采用技术秘密保护获得的经济利益，比申请专利保护取得的经济利益要大的多得多。所以有人说，可口可乐最大的成功就是商业秘密。因此，我们可以很好地利用商业秘密和专利之间的关系，如果权利人一旦发现自己拥有的商业秘密被泄露，可以尽快向国家专利局申请专利权，直接取得《专利法》保护，避免秘密的进一步外泄。