督军团的闹腾，使大总统黎元洪也觉有失面子。9月29日，黎发布训令，责“少数之人，每囿一偏之见，或阻众集议，凌轶范围；或隐庇逋亡，托名自固，甚且排斥官吏，树植党援。假爱国之名，实召亡之渐。盱衡时局，良切隐忧”；希望他们“幡然自省，若仍不顾大局，一意孤行，国法具存，公论胥在，本大总统为捍卫国家计，亦不能不筹所以善其后也。”
由于社会各界的强烈反映及国会议员提出查办张勋案，段祺瑞也不能不有所表示，对张勋和督军团有所告诫；加之张勋与冯国璋因江苏督军之争本有心结，而张勋以督军团名义之跋扈，对冯出任副总统之反对，也使冯颇为不满。9月下旬，督军团发出反对唐绍仪任职的通电，倪嗣冲未得冯国璋等允可，即代其列名，冯国璋即以此为由，联合与其亲近的江西督军李纯和湖北督军王占元，在10月上旬通电声明与己无关，实际脱离了督军团的活动。其后，新任直隶督军曹锟和山西督军阎锡山也退出督军团的活动，使督军团和张勋干政的势头有所收敛。
但是，政治盟友的组合在后袁时期可谓变动不居，并无常形。徐树铮和孙洪伊被免职后，府院之争状似缓解，实则仍存，黎元洪以国会，尤其是前国民党议员为援，不时给段祺瑞制造难堪；段祺瑞则筹谋解散国会，赶走黎元洪，以从根本上解决问题。出于北洋系军人党同伐异的派系特性，段祺瑞和冯国璋在这个问题上的意见基本一致，而督军团和张勋又是他们可以利用和依靠的重要力量，因此，冯国璋和张勋间的不和很快又有所化解，督军团的活动在一度收敛之后复又开始活跃。