在各地接收的同时，战时迁往后方的国民政府各机关、各事业单位、教育文化机构、工矿企业等，也开始准备复员，回到迁出地。1945年8月17日，国民党中央执行委员会决定，由各单位分别拟定复员计划，准备实行。随后，行政院拟定了《收复区各项紧急措施办法》，分部门拟定了接收要点，着重于迅速恢复地方行政、警察机构；分区供应钞券，恢复银行系统，处理敌伪金融机构，接收敌伪财产；接管敌伪陆海空交通、邮电通信机构，并照常运营；迅速接收并恢复工矿业务，根据处理原则，或发还原主或由政府经营；督饬教育文化机关恢复工作，学校照常上课。由于复员准备工作不够充分，实际复员工作是在没有详细计划的状况下进行的。因交通工具的制约和指挥管理的混乱，复员工作的进行并不顺利。
为了加速复员工作的进程，1946年2月21日，行政院发出《中央党政机关还都办法》，对各部会还都人员、运输工具及经费预算作出了具体规定。4月底，国民政府及各院、部的还都工作基本完成，开始在南京恢复办公。4月30日，国民政府发出还都令称：“兹者国土重光，金瓯无缺，抗战之任虽繁，建国之责加重，政府爰定于本年五月五日凯旋南京，以慰众望。"5月5日，国民政府还都大典在南京隆重举行，蒋介石在大会演说中重提“我们今后共同一致、努力建国的方针：就是一要戒浪费；二要尚节约；三要明礼义；四要知廉耻；五要负责任；六要守纪律”。演说中闻不到内战的战火硝烟，没有提出对民众普遍关心的现实问题的解决之道，却散发出国民党当政后一直鼓吹的所谓固有传统的保守气息。国民党在还都之际提不出什么新的口号、新的方针，而是以20年不变的礼义廉耻之宣传与中共争夺民众的支持，其在竞争中败阵也是事出必然。